Preteča Behram-begove i ujedno prva medresa u Tuzli je, bez sumnje, Atik (Stara) medresa. Njezin osnivač je, najvjerovatnije, isti dobrotvor koji je, sredinom XVI stoljeća, podigao i Atik džamiju i mekteb u Tuzli. Akademik i profesor Hamdija Kreševljaković (1888-1959.) piše da je u Tuzli od XVI stoljeća postojala i radila jedna medresa, da je postojala prije 1626. godine i da bi to mogla biti Behrambegova medresa.
Medresa je na svojoj lokaciji preko puta istoimene (Šarene) džamije u samom središtu Tuzle postojala i prije no što je njena novija zgrada sagrađena i otvorena 1893. godine. Od tada je stalno proširivana i nadziđivana. Godine 1939. otvorena je u svom konačnom obliku.
Dvadesetih godina dvadesetog stoljeća provedene su velike reforme, kojima je uvedena razredna nastava sa svjetovnim predmetima i moderan internat za učenike. Škola je funkcionirala sve do januara 1949. godine, kada joj je zabranjen rad, a stotinjak njenih učenika upućeno kućama.
Zgrada je srušena 1974. godine zbog slijeganja tla.
Rad Medrese je obnovljen u oktobru 1993. godine. Do danas je izrasla u savremenu
obrazovnu i odgojnu ustanovu. Školovanje u njoj je završilo oko 3.000 alumnista.
JU Behram-begova medresa u 2026. godini će obilježiti veliki jubilej – četiri stoljeća tracije obrazovanja.
Planirano je organiziranje više manifestacija u toku godine, kojima će se obilježiti taj jubilej i popularizirati škola u javnosti: održat će se jubilarna akademija, naučni simpozij o tradiciji obrazovanja i odgoja u Tuzli, koncerti duhovne muzike, izložbe i dr.
